W granicach Parku Narodowego leżą cztery ścisłe rezerwaty przyrody zajmujące ok. 20% jego terytorium.
Rezerwat Parangalica utworzono w 1933 r. Obejmuje on 1508 ha najstarszego w Europie lasu świerkowego o średnim wieku drzewostanu 200 lat. Wpisany jest na Listę rezerwatów biosfery UNESCO.
Rezerwat Riły Centralnej powstał w 1992 r. Jest to największy rezerwat w Bułgarii - rozciąga się na powierzchni 12 393,7 ha, obejmuje ekosystemy piętra alpejskiego i subalpejskiego. Wpisany jest na Listę rezerwatów biosfery UNESCO.
Rezerwat Ibar założono w 1985 r. na powierzchni 2249 ha w celu ochrony siedlisk sosny górskiej, kilku reliktowych gatunków roślin i rzadkich gatunków zwierząt.
Rezerwat Skakawica obejmuje lasy sosny macedońskiej.
Do zadań dyrekcji Parku Narodowego należą ochrona bioróżnorodności, badania naukowe, edukacja ekologiczna oraz rozwój turystyki przyjaznej dla środowiska. W ośrodku turystycznym Panicziszte utworzono ośrodek edukacji ekologicznej, gdzie odbywają się wystawy stałe i czasowe, prezentacje multimedialne i gdzie realizowane są liczne programy interpretacji dziedzictwa przyrodniczego regionu.